シリンダ内部の洗浄にはいろんな方法があります。別途で紹介されていた
旭化成のアサクリンなども色んな種類もありいい商品です。
それでもとれにくい材料もありますし、アサクリンは高価なので経済的な使い方を考えてください。

内部のシミ、黒点がなかなか取れないのは、見逃し易い点で
①シリンダ、スクリュウーなどがキズがある場合
②チェックリングなどの摩耗やそのあたりに入り込んだ材料がアサクリンなどの
洗浄剤を通すだけでは取れない点

簡易対策
①粘土の高い材料を低温でゴリゴリとパージ
②はチェックリングのところから異材がで易いようにパージ
もしくは先端ノズルを交換。（予備をもっておくといいです）

実際は状況みないと分からないけど、ヒドイようでしたら
一度スクリュウ抜いてみてはどうでしょう。
必要な原因追求の一つの手段です。

炭化物が発生する根本的な原因が解りませんが．．．

かっちゃんさんの所でも、も～う当然色々なメーカーの洗浄剤を
試されているのでしょうけど．．．

弊社でも、色々なメーカーの洗浄剤を使用していたのですが、今では
取り扱い性や用途別の種類(グレード)の豊富さで、超有名な旭化成の
アサクリンに落ち着いています。

でも、最近になって知ったのですが神奈川県川崎市にあります、サトー
と言う会社が開発・販売しています「OKパージ21」と言う洗浄剤が、
材料によってはアサクリンのどのグレードより洗浄力(洗浄能力・時間
等)が高く、ちょっとビックリしています。

「メーカー曰く、今まである洗浄剤とは、全く違う発想で作った商品
だそうです。」

弊社でも、まだそれ程多くの材料でテストをした訳ではないのですが
試して見てもいいかもしれませんよ。

あと、機械側で言えば炭化物等が一番取れにくい(付着しやすい)場所は
スクリュ3点セットと呼ばれている部分だと思いますので、その部分だけ
でも(理想はスクリュ全部ですけど)表面コーティング処理をして見るの
もいいかもしれませんよ。

一応、その洗浄剤を販売しているサトーの連絡先を記載しておきます。

有限会社 サトー TEL.044-988-2118