ハッピー様、ご回答ありがとうございます。

> 「空間として定義している部分での電位差の影響で静電容量が実験値より大きい」
> ことは定性的な傾向としては説明がつくのでしょうか？

平行平板と境界との間でも静電容量が考慮されてしまうので、実験値より大きな値に
なることは妥当だと思われます。

> 大きくなるのが妥当であれば、定量的なモデル化の影響を調べるステップに進められます。こういう開領域問題でよく言われるのは２つ。一つは空間をどこまで広くモデル化するか。範囲を変えて計算して結果が収束するかどうかをみる。
> ２つめは、空間の境界条件の与え方にヒントがあるかも知れません。電位を境界条件として与えるか、自由境界とするかなど。ちなみに磁場解析では空間の境界ではAz=0で固定しますね。

仰る通り、境界の定義をどうするべきか悩んでおります。
電界計算では無限遠を0[V]として計算しますが、FEM上ではどう定義すべきなのか？
そのうえで、平行平板間のみの静電容量を知りたいです。

現状、空間をできる限り広く定義して、そのとき平行平板に貯まる電荷量から
算出しようかと思っているのですが、これでよいのかどうか・・・。